Jonathan Swift fue educado por su tío Godwin, ya que su padre falleció antes de que él naciera.

Durante su niñez, vivió en medio de una gran pobreza.1 Estudió en el Trinity College de su ciudad natal.

Concluidos sus estudios, se trasladó a Leicester para estar junto a su madre, Abigail Erick. Pronto se le presentó la oportunidad de trabajar como secretario del político inglés sir William Temple, escribiendo para él y llevándole sus cuentas, para lo que se trasladó a Moor Park en Surrey, Inglaterra, en1689.

A medida que pasaba el tiempo, crecía la confianza de sir William en su empleado, por lo que éste llegó a tener conocimiento de asuntos de gran importancia, siendo incluso presentado al rey Guillermo III.

Cuando Swift se mudó a Moor Park, encontró allí a una niña de ocho años, hija de un comerciante llamado Edward Johnson, quien falleció joven. Algunas fuentes aseguran que era en realidad hija ilegítima de Temple.1Según el propio Swift, la niña, Esther Johnson, nació el 18 de marzo de1681.

Más tarde reaparecería en la vida de Swift con el nombre de Stella.
Hacia 1694, Swift estaba aburrido de su trabajo, y viendo que Temple, quien valoraba sus servicios, no tenía prisa en promocionarle, abandonó Moor Park y volvió a Irlanda para ingresar en la Iglesia. Tras su ordenación, obtuvo el prebendado de Kilroot, en las cercanías de Belfast.

En mayo de 1696, Temple convenció a Swift de que regresara a Moor Park para ayudarle a preparar sus memorias y sus cartas, con vistas a su publicación. Allí se reencontró con la niña de antaño, convertida en una joven de 15 años.

Durante este tiempo, Swift escribió su primera obra, La batalla entre los libros antiguos y los modernos, que, sin embargo, no se publicó hasta 1704.

Swift permaneció con Temple hasta la muerte de éste, en enero de 1699. En el verano de ese año, recibió y aceptó la secretaría y capellanía del conde de Berkeley; mas al llegar a Irlanda se encontró con que la secretaría ya había sido ocupada por otro. De todos modos, se hizo cargo de las iglesias de Laracor,Agher y Rathbeggan y con el prebendado de Dunlavin, en la catedral de St. Patrick en Dublín.

En Laracor, a cuatro kilómetros de Trim y 32 de Dublín, Swift predicó ante una congregación de tan sólo 15 personas, lo que le permitió cultivar su jardín y dedicarse a la reconstrucción de la vicaría.
Como capellán de Lord Berkeley pasó mucho de su tiempo en Dublín, y cuando éste regresó a Inglaterra, en abril de 1701, Swift, tras obtener su doctorado, le acompañó. Un tiempo más tarde publicó anónimamente un panfleto político titulado A Discourse on the Contests and Dissentions in Athens and Rome.
Cuando regresó a Irlanda en septiembre del mismo año, lo hizo acompañado por Stella, ahora una joven de 20 años.

En torno a la relación de Swift con Stella hay un gran misterio no exento de controversia. Algunos afirman que contrajeron matrimonio secretamente en 1716, de lo que no se han encontrado pruebas definitivas, aunque no se puede negar que sentía por ella un cariño especial, que conservó durante toda su vida.

Entre 1710 y 1714 fue consejero del gobierno tory. En 1713 se le nombró decano de la catedral de St. Patrick de Dublín. Su carrera se paró en este punto, pues la hostilidad de la reina Ana le impidió seguir progresando. En 1714 se trasladó definitivamente a Dublín, donde vivió junto a Esther Vanhomrigh, una joven hija de una importante familia anglo-irlandesa. Swift inventó para ella el nombre Vanessa.
En 1728 murió Stella, y Swift sufrió una severa depresión. Murió en 1745, dejando la mayor parte de su fortuna a los pobres y disponiendo que se construyera a sus expensas un manicomio.